怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，幕末新选组副长土方岁三的日本?。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上?？此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会也来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！同一时间，一具?体在函馆仓库街被发现，?体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带美的籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家战争时代深耕军需产业，传说那宝藏是能扭转日本败局的强力武器，而这宝藏似乎和基德追逐欲盗取的?有着千丝万缕的联系。在基德瞄准?的同时，有一位剑士也在向基德逼近。